Het verschil tussen een gezelschapsaquarium en een speciaal aquarium bestaat erin dat in het laatste vissen en planten gehouden worden die uit een bepaald biotoop afkomstig zijn. Bijvoorbeeld alleen maar vissen uit een bepaald gebied van de Amazone rivier in Zuid-Amerika. Of vissen en planten uit het Malawi meer in Afrika.

Enkele voorbeelden van speciaalaquaria zijn:

- Het Tanganjikameer uit Centraal Afrika met prachtige cichliden die vooral geliefd zijn om hun gedrag en voortplanting.

- Het Malawimeer ook uit Centraal Afrika met cichliden die kleurpatronen hebben die te vergelijken zijn met vissen uit tropische zeeën.

- Zuid Amerika biotopen, vaak uit het Amazone gebied. Bekende vissen uit deze biotopen zijn de discusvis, maanvis en diverse grote en kleine cichliden soorten.

- Azië met prachtige planten zoals de vele crypto soorten wanneer ze worden gehouden in grote groepen.

Wat betreft de techniek is er ook een verschil tussen beide soorten aquaria. Doordat alleen vissen uit een bepaald biotoop worden gehouden moet de waterkwaliteit natuurlijk ook voldoen aan dit biotoop, bij discusvissen uit de Amazone rivier is dat bijvoorbeeld water dat zeer zacht is met een lage pH waarde (zuur). Cichliden uit het Malawi- of Tanganjikameer bijvoorbeeld worden in veel harder water gehouden.

Ook de verlichting is afhankelijk van het soort speciaal aquarium dat je gaat houden. Het gebied dat je wil gaan nabootsen is dus bepalend voor een aantal zaken waarmee je bij de inrichting en de verzorging van het speciaalaquarium rekening moet houden.